东京海洋大学是日本唯一特化海洋研究与教育的国立大学。2003年(平成15年)10月由拥有120年以上历史的东京商船大学及东京水产大学合并而成、2004年4月开始以东京海洋大学名义招收本科生。旧东京商船大学长年涌现出了许多支撑日本商船队的水手和海员、与打下水产立国基础的旧东京水产大学一同、至今仍致力于海洋科学与工学专门领域的教育与研究、并以世界标准为目标。
海洋工学部(东京商船大学)的前身——私立三菱商船学校成立于1875年(明治8年)11月、1925年改组为东京高等商船学校。海洋科学部(东京水产大学)的前身——大日本水产会水产传习所设立于1888年(明治21年)。两学部均拥有120年以上的历史。最初商船学校定校舍于以成妙丸号商船之上、水产传习所定校舍于越中岛、后商船学校也移设越中岛。
东京高等商船学校在明治・大正・昭和时代以难关校而闻名、被当时考生称为「陆士・海兵・高等商船」——与陆军士官学校・海军兵学校并称三大难关校、网罗全国才子。当时的详细情况记录于米洼满亮所著「大海传奇」(「海のロマンス」)、其中包含米洼满亮乘第六代练习船大成丸周游世界的航海日志。