1870年共立医院设立，后发展为新潟医科大学。二战后、新潟医科大学・旧制新潟高等学校・新潟第一师范学校・新潟第二师范学校・新潟青年师范学校・县立农林专门学校・长冈工业专门学校合并。1949年根据“国立大学设置法”，设立新制的国立综合大学“新潟大学”。当时拥有人文、教育、理、医、工、农等6个学部。1965年设立齿学部。1968年以后，医・齿学部以外的全学部搬迁至五十岚地区。1977年人文学部改组为法文学部、后又改组为人文学部、法学部、经济学部等3学部，教育学部改组为教育人类科学部。2004年根据国立大学法人法，改为国立大学法人。
     
      到2004年，该校拥有9个学部和8个大学院，以及脑研究所、积雪地域灾害研究中心等研究机构。学生数约为11,000人，是本州岛日本海一侧规模最大的国立大学。包括位于市区西部的面积最大的五十岚校区，位于市中心的医学系学部・机构集中的旭町校区以及位于西大畑地区的设立教育人类科学部附属学校以及面向社会人学生授课的新潟站南校区等三处校区。 　　另外，也在长冈市拥有附属学校（小学校、中学校、幼儿园），在佐渡市拥有理学部附属临海实验所，在同市和中蒲原郡村松町拥有农学部附属稻田科学教育研究中心。

法学部
经济学部
工学部
医学部